У D5200 в плюсах менее шумная матрица и более совершенные алгоритмы, которые будут намного больше вам «прощать», выдавая удобоваримую картинку, особенно на первых порах. К тому же подвижный ЖК - удобная штука, особенно при съемке со штатива всяких макро. Правда с оптикой, да, незадача получается... У D90 классная эргономика (для тех кто знает), поддержка всего парка оптики... тоже немаловажно. Решайте, что вам важнее.

Уточню; кто понимает что и как он делает - тот на любой из этих камер получит более чем отменный результат, а вот для новичка более современная камера - предпочтительнее.