Вот так рождаются мифы и кочуют себе по сети.
Все вышеназванные программы используют один и тот же модуль, потому разницы нет никакой, чем кодировать или декодировать. Разница лишь в удобстве пользования и доступности настроек, которые при использовании чистого flac.exe прописываются в командной строке.

ЗЫ: Чувствую, сейчас подтянутся те, кто слышит разницу, не взирая на полную идентичность полученных разными программами файлов.