Данные в любом случае надо сливать сразу, до всех манипуляций, прогонять лучше на тесте батерфляй. так больше вероятность, что контроллер заремапит не очень хороший блок. и естественно из под доса или загрузочного CD диска, чтобы у проги был полный контроль за контроллером, или впринципе есть готовые сборки с нужными утилитами для записи на флешку.