Выдержка из одного форума:

В NTFS существует таблица размещения файлов (MFT). При заполнении диска(раздела) мфт расширяется. В MFT храниться информация о каждом файле, плюс внутри MFT хранятся мелкие файлы. Чем больше файлов в разделе тем больше MFT. При создании раздела MFT резервирует часть пространства под своё дальнейшее расширение. Если в разделе хранится музыка, фильмы и другие крупные файлы, то 6% свободного места от общего размера тома будет вполне нормально. Под раздел с Виндой надо 12,5 % свободного места для нормальной работы.

Я с этим согласен. Но это влияет на быстродействие. Таких критичных сбоев, как у автора темы, все же быть не должно из-за свободного места. Думаю, что там аппаратная проблема.