Дело тут не совсем в линухе!
Все 1С, бух.софт и тп должны работать не с файловой системой, а с СУБД потипа MS SQL сервер , в котором есть отличный сервис по сохраниению бекапов полных/снапшотов!
Что-то типа так я настраивал, когда у меня на серваке крутился 1С с несколькими 1С
В конце важная документация должна периодически копироваться на закрытый под паролем ftp сервер специализированным софтом по расписанию.
Даже если сервер сгорит с потрохами, то с фтп можно спокойно будет скачать данные! И да, этот фтп конечно не на винде - есть множество сборок, на том же debian/openmediavault которые спокойно это позволяют сделать за очень короткое время.