С матрешкой (MKV) очень легко работать, указаная више прога отлично подойдет. Смотрите только чтоб разсинхрона не было.
В идеале вынуть дорожку засунуть в прогу по работе со звуком сравнить с дорогой что у вас во флаке,
1. Если идеально подходят - отлично, просто добавить в мкв или пересобрать с нужной только Вам дорожкой, чтоб файл был меньше.
2. Если есть смещение, надо понять в какую сторону и насколько секунд, можно при создании мкв прописать сдвиг в + или в минус (вариант №2 в адуиоредакторе добавить или наоборот вырезать лишние секунды и собрать новую звуковую дорожку во флак потом просто кинуть в мкв).
3. Если есть разсинхрон, тогда геморно,надо высчитывать или вбивать сдвиг, но как говорил очень геморно и может глючить звук в момент проигрывания флака.