На компютерных колонках указано левая-правая, потому что штекер у них один общий - 3,5 мм. Это, чтобы слушатель знал, как их расставить.

Мы же, когда свои АС к усилкам лепим, соблюдаем право-лево. Никому же не придет в голову стоящую слева колонку подключить к выходам R и наоборот...

Выхода в конкретной ситуации два, и оба уже были здесь озвучены: найти в драйвере звуковухи опцию invert stereo, или перепаять провод.