Утверждаю, что при кодировании / раскодировании FLAC никаких ошибок не возникает.
Делал такой эксперимент (метОду придумал не сам, надыбал где-то в интернетах):

Берётся файл, кодированный AC3. В нём подменяется заголовок, как будто это WAV. Если воспроизвести такой WAV честным плейером через SP-DIF на ресивер, ресивер по формату файла догадается, что это AC3, декодирует его и воспроизведёт без ошибок. Это в случае, если связка плейер->звуковая карта->SP-DIF работает "бит в бит".
Теперь берём этот "WAV", жмём его FLAC-ом и проигрываем уже FLAC. Если FLAC распаковывается без ошибок, ресивер опознаёт AC3 и опять воспроизводит его как надо.
Если при упаковке/распаковке FLAC возникнет ошибка хотя бы в одном бите, пропадёт целый фрейм AC3 и будет такой грохот, что только глухой его не услышит.

Описанное выше проделывал лично несколько раз, в качестве плейера выступали Фубар и Дюна.

Для совсем параноиков при кодировании во FLAC кодер может включать в файл контрольные суммы фреймов, каковые может проверять параноидально настроенный плейер.

P.S. Отлично понимаю, что если у кого-то FLAC ошибается, то он будет продолжать ошибаться хоть какие эксперименты не проводи, но всё-таки ...