Тот, на котором стоит операционка - да. Сделайте сначала второй. Установите на него виду. А затем сделаете первый.
Если программа не сможет прописать винты нулями, то на них есть физические бэды (невиртуальные). В таком случае их режут с начала или с конца, в зависимости от того, где бэды. Программой MHDD. Винты становятся меньше, но еще некоторое время ими можно пользоваться.