Судя по фото, диск у вас ровный... Хотя, ведь с какого-то вы спрашивали о возможности "тарелкости" диска. Может для отметания версии кривого диска стоило бы сделать фото с линейкой, прижатой к поверхности.
Просто если диск деформирован в виде тарелки, то и торчать он будет выше из стола. Но если честно, я не вижу у вас подобной кривизны диска. И на шпинделе он сидит у вас на нормальной высоте.
Вопрос по какой причине диск не садится...?
Судя по тому что вы написали о чем-то подложенном... Сделайте фото подложенного. Хорошо бы и выяснить за что цепляется диск при вращении. Тут надо искать первопричину. Фото снизу на втулку желательно!

---

Вообще хорошо бы было разобрать весь опорный подшипник, предварительно сняв его со стола. Всего-то 3 винта...!
Выкрутить винт и вынуть вал. Снять стопорное кольцо и вынуть подпятник (два, у меня 3, металлических кружочка), а там и шарик... У меня кстати был треснутый...