Оптимален DVDDecrypter. Если им копировать, то он создаёт ISO+MDS. (MDS - аналог CUE для аудио - в нем как раз оригинальная метка перехода на 2й слой и прописывается).
Если скачиваем с интернета голое ISO или, вообще, папку с VOB-ами.. то нормальный результат даёт запись в DVD FAB.
P.S. Писать 9-ку лучше на скорости 2.4х.