Сама запись, конечно же, на диске цифровая. Конечный продукт единицы и нули. Но тип считывания аналоговый. Сначала считывается синусоида, уже не помню как точно она называется. Синусоида формируется путем очень схожим на считывание виниловой пластинки.
А уже затем эта синусоида модулируется в единички и нолики.
Соответственно классический СД транспорт и СД ром компьютера считывают диск неодинаково в априории. По факту компьютер формирует файл и преобразовывает его. Компу накакать СД или флешка. А классический СД аудио транспорт будет стараться генерировать PCM в реальном времени. Что ОЧЕНЬ заметно слышно. "Музыкальность" несравнимо другая.
Кстати, есть ветка где Дмитрий Медведев очень любезно и подробно это рассказывал.
Мог что то не так обозвать, некорректно вспомнить, не обессудьте знатоки.

ЗЫ.: 1) Есть СД аудио дорогие с дешевым СД ромом. Например, Макинтош таким балуется. Их не берем в учет. Там DSP все допиливает, что хотел сказать производитель
2) Файл 16/44 и СД запись 16/44 пусть и по частоте и битности их характеристики совпадают. Но механизм "подачи" делает звучание разным. А значения цифр хорошо описаны примером формумчанина 1 кг золота по весу = 1 кг туалетной бумаги