Если под обычной водой имеется в виду вода из под крана, то - да. Разводы солей вполне могут испортить мелкую детальность. Если же брать дистиллированную воду и чистый (!) этиловый или изопропиловый спирт, ничего там "промокать" не будет. Для самоуспокоения поможет хороший микроскоп, до и после мойки подопытной пластинки.