Начните с совета во втором посте от Sabretooth , возможно в более свежей прошивке есть подходящий аудиокодек для ваших сборок MKV . И по скорости работы флэшки то же согласен !
Исправить просто находите рип меньшего веса , теряете в качестве , но смотрите без тормозов . Но глядя на данные сборки которые в вашем первом сообщении куда ж еще хуже качество ?!
А тормозят все три аудодороги ?
Попробуйте оставить только одну , подойдет прога mkvmerge GUI