Давно пора поставить жирную точку в этом вопросе и прибить тему вверху, чтобы периодически не всплывала.
Спорить, что лучше: WAV, FLAC или APE, это все равно, что спорить, что лучше: оригинальный документ Word или его пожатие в RAR. И будут ли ошибки при распаковывании архива.
А разница при чтении флака м.б. из-за недостаточной мощности проца, например, или кривого декодера, или работающих фоновых задач в винде и т.п. Поэтому можно говорить только применительно к конкретному железу и ПО о том, что лучше в данном случае звучит.