Думаю нам тут варто розділити питання на 2 частини:
1. Відтворення звуку з CД (CDDA)
2. Відтворення звуку з файлу
і не можна напряму порівнювати цих два джерела даних.

Якщо взяти систему: транспорт -> ЦАП -> ..., на вхід ЦАПу подається сигнал (аналогові прямокутні хвилі) -- який несе цифрову інформацію. Дялі ЦАП намагається з цього сигналу відтворити послітовність нулів і одиниць, а вже з них відтворюється звук. І відтворений звук залежить від того як саме ЦАП перетворив вхідний прямокутний сигнал у логічні 1 та 0. Тому дуже важливо подати на вхід ЦАПу якіний сигнал -- без поміх. (Я навмисне тут упускаю квантування, клоки і т.д.)

Тепер варто повернутись до наших "джерел даних":

Класичний СД транспорт не може дати гарантій 100% відтворення записаних цифрових даних. Тут важлива якість запису СД, і чим вища якіть запису тим більша ймовірніть достовірного відтворення цифрових даних. Тому і є відчутна різниця між фірмовими штампованими дисками і самописними ерками. Проте слід пам"ятати, що певний рівень помилок буде і на фірмових штампованих дисках....

Але якщо взяти оцей штампований диск і багато разів його зчитувати, то статистично, можна вибрати послідовність 1 та 0 яка буде такою ж яку записали на диск на фабриці. Це і є наш другий тип джерела -- образ диску (wav файл на диску компютера). І цей образ не буде мінятись від того куди і скільки разів ми його копіюємо. А якщо і зміниться ми завжди можемо його зрівняти з оригінальним (наприклад по MD5)

А тепер чому не можна порівнювати CD та файл:
тому що між цими "джерелами даних" і ЦАПом є ціла купа принципово різної електроніки, яка формує отой прямокутний сигнал для цапу.

І такі системи у класичних СД-транспортах поки набагато якісніші, ніж ті, що стоять у файлових транспортах. Це і зумовлює вищу якість сигналу з фірмових дисків, які ми слухаємо програємо дорогі СД-транспорти.

Але я маю надію, що скоро технології підуть вперед, і файлові транспорти зможуть формумати вихідний сигнал, який не буде поступатись по якості СД-траспортам...