Откуда бы не брались данные - проблема не в данных. При внимательном изучении вопроса это достаточно легко понять. Все происходит на этапе преобразования цифра-аналог плюс помехи, источники и пути прохождения которых иногда вовсе неочевидны.
Можно взять плейер и отключить в нем интерполяцию, т.е. перевести декодер в режим CD-ROMа, когда никакие варианты с искажением информации неприемлемы по определению. Что произойдет? Будет все играть как ни в чем не бывало при условии исправного транспорта и неповрежденного носителя. Поцарапанный диск - да, не получится слушать в таком режиме.
А можно взять медиаплейер (ту же Дюну), послушать файл в FLAC через внешний DAC хорошего качества. Потом распаковать его в WAW и обнаружить, что стало ого как лучше. При этом файл - тот же, алгоритм распаковки - идентичен. Вот только лишь помехи от загруженного рапаковкой FLACа процессора медиаплейера пролезут в весь остальной тракт и сделают свое дело...
Завтра сменится носитель, но меня ничуть не удивят флешки FOR AUDIO - и таки да, разница будет!