Нет, никуда корпус фильтра не подключайте, а используйте дополнительный изолирующий корпус. Если соединить корпус с нулем, Вы просто отключите одно плечо полностью, вернее – создадите какой-то неопределенный контур, по которому будут протекать токи помех, не фильтруясь. Если корпус никуда не подключать, эффективность фильтра уменьшится (по сравнения со штатным включением), но меньше чем с корпусом, подключенным к нулю.