Цитата:Почему-то в секционированных трансах при разной коммутации обмоток получаются разные результаты, т. е. результаты от последовательного включения С1, С2, С3 и С1, С3, С2 получаются разные, хотя в простая арифметика дает одно и то же.

Да, это верно, только тут ну немного сложнее арифметика.
При разном подключении обмоток, по разному получаются включены и статические паразитные емкости, так же разное влияние имеют и индуктивности рассеивания. Поэтому разный результат. Никакого противоречия здесь нет.
Наша задача найти оптимум для паразитов и как можно уменьшить их влияние - это залог успеха.