Wehr-wolf

Нет, он не из лепешки.
AZ1 уверяет, что сам кварц один и тот-же.
Но тут уже упоминалось (Вы наверное пропустили), что в разных схемах один и тот-же кварц может работать на несколько разных частотах, если сделано неправильно или не подстроено.

А дальше на пальцах, без приборов.
Имеем сэмпл-рэйт 96к. Значит за одну секунду будет 96000 сэмлов.
Теперь имеем сэмпл-рэйт (из-за нестандартной частоты) например 96.1к
За секунду АЦП наберет 96100 сэмплов. И если теперь проиграть на стандартной частоте для 96к, длительность станет больше.

На Вашем втором скрине это очень хорошо видно, характерные точки и как разъехались треки.

P.S.
Как второй вариант, возможно, что скорость вращения вертушки в двух случаях стабильная, но разная.
Девиация тут не причем.