VAL71
Обычно с Ubuntu никаких проблем нет.
Я скачал сейчас в Lubuntu x64 архив плеера с его страницы, зашел в архив файловым менеджером mc (Midnight Commander) и там сразу виден, в том числе, и файл aplayer.desktop.
Извлечь этот архив полностью в папку может тот же mc.
Первый запуск надо делать обязательно под root (через sudo ./aplayer) или из запущенного под root mc.
Плеер при этом выдает короткое сообщение о запуске и возвращает управление. Дальнейшая работа с ним идет через веб-интерфейс: http://localhost:7778.
На Ubuntu перед использованием плеера надо отключить автозапуск сервера PulseAudio в соответствии с инструкцией.
P.S.
На всякий случай: естественно, надо скачивать аpхив плеера для Linux. а не для Windows. В Windows версии, действительно, нет файла aplayer.desktop, но она и не должна запускаться под Linux.