Закинул оба файла в Рипер (треки 1/2), для пущей "наглядности", сконвертил флак в mp3 320, а mp3 в wav и сделал треком номер 3.
Солируем сравниваемые треки и делаем инверсию фазы, то есть слышим только разницу между треками. С wav "mp3" эффект очевиден, между flac/aiff — тишина. Кто хочет попробовать, триал рипера бесплатный.