Формат тут не причем.
Щелчки на 44/16 или на хейрезе тоже?
СМ663х с большинством прошивок, на 44/16 выдает битклок удвоеной частоты, что может не нравиться многим ЦАПам и ЦФ.
Впрочем, могут быть другие причины, например не правильная синхронизаия по MCLK.