Проблемы с перемоткой не типичны для настроек плеера из коробки, но если идти своим путем, то пробовать подбирать устойчивые размеры буфера и режимы вывода. Для WASAPI в его отдельном конфигураторе дополнительно переключаются режимы PUSH, PULL.
Что касается декодеров форматов, то когда у них нет настроек в панели, это значит, что данному декодеру настройки не нужны.