Огромное спасибо за возведение меня в ранг "независимых экспертов" Это, безусловно, льстит, но я лично считаю себя просто вдумчивым экспериментатором.
Мое мнение по сравнению сигналов. Идеального способа, наверное нет. Вот пару мыслей.

Выравнивание по опорному 300-400 Гц. Плюсы:
1. Является стандартом НАСТРОЙКИ магнитофонов.
2. Кривые коррекции проходят через ноль в этом диапазоне (но ну у всех аппаратов на одинаковой частоте)
3. Артефакты низких частот уже закончились, а высоких частот еще не начались.
Минус:
у каждого аппарата, особенно после авторской смены головки своя неподдельная кривая коррекции УВ. Это МОЖЕТ сильно обесценить все предыдущие плюсы на практике. К примеру, при равных опорных, один аппарат имеет на 1.5- 2дб повышенную коррекцию в диапазоне 50- 100Гц при прочих равных. Этот аппарат будет однозначно выигрывать в сравнении. Шумы в этом диапазоне смешиваются с сетевыми наводками и трудно различимы. Для детекции подобной повышенной коррекции надо смотреть спектр шума с высоким разрешением и усреднением- это минимум одна минута сигнала, лучше две...

Выравнивание по действующему значению. Плюсы:
1. Действующее значение- это то, что навскидку слышит ухо. При прочих равных сигнал с меньшим РМС проиграет в сравнении.
2. При работе с переменными и нестационарными сигналами- рмс (точнее- их мощность) это первичная (хотя и не единственная) характеристика.
3. РМС дает взвешенное интегральное выравнивание сигналов. Вклад частот с большим уровнем- больше, и наоборот.
Минусы:
Отдельные "сложные" участки сигналов будут усреднены и "замылены". Это впрочем справедливо и для выравнивания по опорному.

Короче, это как с окном в преобразовании Фурье- идеального решения нет, но на практике все же при сравнении сигналов лучше выровняить по рмс.