В аудио данных, закодированных на CD, нет ничего особенного. Единственное отличие между <сырым> 44.1 КГц 16-бит стерео WAV-файлом и аудио CD - последовательность байтов.

Нет необходимости конвертировать файлы WAV в специальный формат для записи на CD, если только вы не используете собственное кодирование, которое не распознается вашей программой для записи. К примеру, некоторые программы не записывают из файлов МР3, или из WAV файлов с неправильной частотой дискретизации. Вам также не нужно делать ничего особенного с аудио, извлеченным с CD. Оно уже в том формате, который понятен практически всем.

Просто надо привести свое аудио в правильный формат -- 44.1 КГц, 16-бит, стерео, без сжатия, PCM - и программа, которую вы используете для записи CD, сделает все остальное.