Ну дык никто ж не мешает тебе не менять частоту при перегоне из flac в wav - хоть 192 и т.д.
И без всяких извращений с cue.
Я не понял сути проблемы: есть flac 48 kHz - распаковываешь в wav 48 kHz и либо пишешь с компа прямо с этих 48 kHz, либо запаковываешь обратно в 48 kHz flac, но уже потреково.

Смысл жать только в целях экономии места на винте. Я, кст, жму мартышкой в ape insane - он немножко сильнее сжимает.