Черт его знает, я не знаю точно алгоритмов сжатия, делят они там что-то или нет – и спорить не берусь.
Нет, FLAC to WAV это не архивирование, это именно преобразование, которое теоретически, не должно приводить к потерям. Там сложный алгоритм разделяющий информацию на упрощенную «короткую» копию, и разницу между этой копией и исходным сигналом. Обратное преобразование должно из этих двух кусков сделать исходный сигнал.
А Вы посмотрите описание алгоритма, есть вполне читаемые и понятные разъяснения, не требующие каких-то специальных знаний, многое станет понятно.

Вообще, все эти сжатия без потерь, вполне соответствуют закону Мерфи - Если какая-нибудь неприятность может произойти, она случиться. Если уж совсем по-простому – все герметичные стыки – текут.

С уважением.